En matière de protection des espaces naturels, la communauté de communes mène depuis plusieurs années, des actions spécifiques définies dans les statuts. Elle est notamment opératrice du site Natura 2000 "Presqu'île de Crozon" et gestionnaire de la Réserve Naturelle régionales des sites géologiques.
Depuis le 1er janvier 2020, une service "Espaces naturels" communautaire a été créé sous la vice présidence de Marc Pasqualini, maire du Faou, afin d'assurer la gestion de l'ensemble des espaces naturels du Conservatoire du Littoral et du Département ainsi que des espaces naturels propriété de la communauté de communes et des communes. Ce service assurera égalementla gestion des sentiers de randonnée dits " d'intérêt communautaire" : aménagement légers, entretien, sécurité et signalétique.
Sous la direction du DGS, Hubert Le Brenn, le service est composé de Sophie Coat, Conservatrice de la réserve naturelle, Ségolène Guéguen, chargée de mission Natura 2000, Marine Belbéoc'h à mi-temps sur la coordination randonnée, Yvan Sionneau, responsable de l'équipe technique qui gèrera les espaces naturrels et les sentiers. Cette équipe est elle-même composée de deux gardes du Littoral : Julien Huteau et Fabrice Manac'h et de 4 agents techniques : Lucas Le Gall, Romain Birien, Xavier Carne et Jérémy Lagadic.
Ce service a pour vocation de veiller à la préservation des espaces naturels grâce à des missions de surveillance, sensibilisation, suivis scientifiques, de gestion des sites (fauche de lande, coupe de résineux...) et maintenance des aménagements (ganivelles, monofils, panneaux...). Les espaces naturels concernés sont situés sur l'ensemble du territoire et représentent plus de 1400 ha.
L'uatre volet des missions du service est d'assurer que l'ensemble des sentiers de randonnée confiés à la gestion de la communauté de communes soient praticable et confortable pour les usagers.
La création de ce service était une des actions listées dans le Document d'objectifs du site Natura 2000 "Presqu'île de Crozon". L'arrivée d'une équipe technique est un réel plus pour la gestion et la préservation des habitats et espèces d'intérêt communautaire.
